I studierna har biverkningarna oftast varit lindriga, främst från magen. Enligt NCCIH är magbesvär och diarré de vanligaste biverkningarna när bromelain tas via munnen. En översikt från 2004 nämner också huvudvärk, trötthet, muntorrhet, hudutslag och allergiska reaktioner. Vi har inte hittat någon fastställd övre gräns för intag.
Bromelain är ett protein och kan ge allergi. I EU:s produktresumé för läkemedlet med bromelain står att allergiska reaktioner mot inandat bromelain har rapporterats, även anafylaxi, liksom misstänkt sensibilisering efter intag via munnen. Läkemedlet får inte användas av den som är överkänslig mot ananas eller papaya/papain, och korsallergi med papain, latex, bigift och olivpollen har rapporterats.
Enligt samma produktresumé har minskad trombocytaggregation, lägre fibrinogen och något förlängda koagulationstider rapporterats i litteraturen som möjliga effekter efter att bromelain tagits via munnen. Produktresumén anger försiktighet med läkemedel som påverkar blodets levring och att bromelain kan förstärka effekten av ACE-hämmare mot högt blodtryck, dåsighet av vissa läkemedel, till exempel bensodiazepiner och antidepressiva, samt effekten av cytostatikan fluorouracil och vinkristin. Enligt produktresumén hämmar hudläkemedlet, när det har tagits upp i kroppen, också enzymerna CYP2C8 och CYP2C9, som bryter ned bland annat warfarin och fenytoin. Uppgifterna gäller ett läkemedel som används på huden, men bygger delvis på rapporter om bromelain som tagits via munnen. Översikten från 2004 nämner möjlig förstärkning av blodförtunnande warfarin och ökat upptag av antibiotika som frågor som behöver utredas. NCCIH råder den som använder läkemedel att tala med vården innan bromelain används, och Livsmedelsverket avråder generellt från att använda kosttillskott tillsammans med läkemedel utan att rådgöra med läkare.
Enligt NCCIH är lite känt om säkerheten under graviditet och amning. Livsmedelsverket råder gravida att undvika växtextrakt och ammande att inte använda sådana produkter utan att först prata med barnavårdscentralen eller en läkare.