I Cochrane-översikten var biverkningar lika vanliga med glukosamin som med placebo. Enligt FASS är de vanligaste biverkningarna av glukosaminläkemedel illamående, magsmärtor, matsmältningsbesvär, förstoppning och diarré; även huvudvärk, dåsighet, utslag och klåda har rapporterats. Enligt LiverTox har glukosamin kopplats till leverskador i enstaka fallrapporter, men glukosaminets roll är inte visad, och sådana skador måste i så fall vara mycket sällsynta.
Enligt FASS ska glukosaminläkemedel inte användas av personer med skaldjursallergi, eftersom den aktiva substansen utvinns ur skaldjur. Ökad effekt av blodförtunnande läkemedel av kumarintyp, som warfarin, har rapporterats, och patienter som tar sådana läkemedel bör enligt FASS följas noga när glukosamin sätts in eller ut. Vid diabetes eller nedsatt glukostolerans anger FASS att blodsockret kan behöva kontrolleras tätare. Läkemedlen ska inte användas under graviditet eller amning eller av barn under 18 år, eftersom säkerheten inte är dokumenterad. Förvärrad astma har beskrivits i en rapport. Ett av läkemedlen, med glukosaminsulfat stabiliserat med kaliumklorid, innehåller 87 mg kalium per kapsel, vilket enligt FASS bör beaktas vid nedsatt njurfunktion.
Om glukosaminet i ett kosttillskott är framställt av kräftdjur ska det enligt EU:s märkningsregler framgå av förpackningen. Den som har skaldjursallergi eller diabetes, eller tar blodförtunnande läkemedel, kan rådgöra med läkare eller farmaceut.