Den vanligaste biverkningen i studierna var magbesvär. I metaanalysen från 2015 var det drygt dubbelt så vanligt att deltagare avbröt behandlingen med ingefära som med placebo. I den största enskilda studien fick 59 deltagare med ingefära magbiverkningar mot 21 med placebo, oftast lindriga. EMA:s monografi anger orolig mage, rapningar, matsmältningsbesvär, halsbränna och illamående som vanliga biverkningar, och även överkänslighet. Enligt LiverTox har ingefära inte kopplats till förhöjda levervärden eller leverskador.
Enligt EMA har uppgifter från 300–1 000 graviditeter inte visat fosterskador, men av försiktighetsskäl är det att föredra att avstå från ingefära som läkemedel under graviditet. EMA skiljer då mellan läkemedel och vanlig användning i mat. Under amning rekommenderas läkemedlet inte, eftersom säkerheten inte är fastställd, och de flesta användningarna rekommenderas inte till personer under 18 år. Ledvärk med svullnad, rodnad eller feber bör enligt EMA undersökas av läkare.
Monografin anger inga kända interaktioner. Produktinformation för ingefärsläkemedel i bland annat Tyskland och Nederländerna varnar ändå för ökad blödningsbenägenhet och förstärkt effekt av blodförtunnande läkemedel, och den tyska även för gallstenssjukdom. I bedömningsrapporten från 2025 anser EMA att fallrapporterna om interaktioner med blodförtunnande läkemedel är få och inte övertygande och att underlaget inte räcker för en varning. Livsmedelsverket avråder generellt från att använda kosttillskott tillsammans med läkemedel utan att rådgöra med läkare, och har pekat på fynd av mögelgifter i bland annat ingefära som råvara.