I studierna har rödklöverextrakt i regel tolererats väl. Enligt NCCIH har extrakten använts i studier i upp till två år utan uppenbara säkerhetsproblem. Cochrane-översikten från 2013 fann inga tecken på att fytoöstrogener påverkade livmoderslemhinnan eller slidan som östrogen gör, eller på andra biverkningar, vid användning i upp till två år. I en treårig studie på 401 friska kvinnor med bröstcancer hos en nära släkting skilde sig brösttäthet, livmoderslemhinnans tjocklek, kolesterol och bentäthet inte mellan 40 mg rödklöverisoflavoner per dag och placebo.
EFSA bedömde 2015 att isoflavoner i kosttillskott, i de doser som är vanliga i produkter för kvinnor i klimakteriet, inte gav tecken på skadliga effekter på bröst, livmoder eller sköldkörtel hos kvinnor efter klimakteriet. Slutsatsen gäller de doser och den tid som studierna omfattade, från tre månader till knappt ett år för produkter på den europeiska marknaden. EFSA kunde inte bedöma säkerheten för kvinnor i övergången till klimakteriet, eller för kvinnor efter klimakteriet som har haft cancer eller har cancer i släkten, eftersom data saknades. Någon övre gräns är inte fastställd.
Enligt NCCIH kan rödklövertillskott vara osäkra under graviditet och amning. I Livsmedelsverkets kunskapsöversikt står att rödklöver kan innehålla höga halter fytoöstrogener och att stora mängder, som i växtextrakt i kosttillskott, kan öka risken för negativa effekter hos ett foster. Livsmedelsverket råder gravida att undvika växtextrakt och ammande att inte använda sådana produkter utan att först prata med barnavårdscentralen eller en läkare.
Enligt 1177 ska den som ska börja med hormonbehandling för klimakteriebesvär berätta för läkaren om växtbaserade läkemedel, naturläkemedel och kosttillskott, eftersom de kan påverka behandlingen. NCCIH råder den som använder läkemedel att tala med vården innan växtprodukter används, och Livsmedelsverket avråder generellt från att använda kosttillskott tillsammans med läkemedel utan att rådgöra med läkare.