Enligt NCCIH anses bockhornsklöver säkert för vuxna och barn i de mängder som finns i mat och möjligen säkert för vuxna i större mängder. Vanliga biverkningar är diarré, illamående och andra magbesvär, och EMA:s monografi nämner också gaser och yrsel. Höga doser, 25–100 g fröpulver per dag, gav lindriga magbesvär hos fyra av tio i de fall EMA återger. I en studie som återges i en metaanalys från 2014 fick några deltagare en speciell lukt på urinen. När mammor tog bockhornsklöver under förlossningen fick deras nyfödda barn en lukt av lönnsirap, vilket väckte misstanke om en ärftlig ämnesomsättningssjukdom (MSUD).
Bockhornsklöver kan ge allergiska reaktioner, även allvarliga, enligt NCCIH. EMA anger överkänslighet mot jordnöt, soja och andra baljväxter som skäl att inte använda bockhornsklöver. I en studie på 29 personer med antikroppar mot jordnöt och andra baljväxter hade de flesta också höga antikroppsnivåer mot bockhornsklöver, och omkring 2 mg gav symtom vid ett provokationstest. Bara ungefär en tredjedel av de undersökta livsmedlen med bockhornsklöver var korrekt märkta.
Bockhornsklöver kan sänka blodsockret. NCCIH skriver att stora doser kan ge ett skadligt blodsockerfall, och enligt EMA bör den som behandlas för diabetes överväga noggrann kontroll av blodsockret. EMA anger inga rapporterade interaktioner med läkemedel, men det finns enstaka fallrapporter: förhöjt PK-INR hos en kvinna som tog warfarin och ett preparat med boldo och bockhornsklöver, och leverpåverkan hos en kvinna som tog cancerläkemedlet ribociklib och samtidigt ett tillskott med bockhornsklöver. NCCIH och Livsmedelsverket råder den som tar läkemedel att rådgöra med vården innan kosttillskott används.
Enligt NCCIH är bockhornsklöver inte säkert under graviditet i större mängder än i mat, eftersom användningen har kopplats till ökad risk för fosterskador hos djur och människor. EMA rekommenderar inte användning under graviditet och amning eller av kvinnor i fertil ålder som inte använder preventivmedel, eftersom djurförsök har visat skadlig påverkan på fortplantningen, och inte heller till barn och ungdomar under 18 år. I djurförsök sjönk också nivån av sköldkörtelhormonet T3. Livsmedelsverket råder gravida att undvika örtprodukter och växtextrakt.