Den viktigaste risken med grönt te-extrakt gäller levern. EFSA fann 2018 att 800 mg EGCG eller mer per dag som kosttillskott gav en statistiskt säker ökning av leverenzymer i blodet jämfört med kontroll, vilket tyder på leverskada. EFSA kunde inte ange någon dos EGCG från extrakt som kan anses säker. I studier med under 800 mg per dag i upp till ett år sågs inga förhöjda levervärden, men de studierna var för små för att upptäcka ovanliga fall, och en specifik produkt med etanolextrakt gav allvarlig leverskada redan vid 375 mg EGCG per dag.
EFSA gick igenom 22 fall av leverskada där grönt te var den enda misstänkta orsaken. De flesta gällde kosttillskott, ofta hos medelålders kvinnor som använde extraktet för viktkontroll, och skadorna kom oftast efter några veckor till åtta månader. Inga dödsfall kopplades enbart till grönt te, och de flesta tillfrisknade när de slutade. I Minnesota Green Tea Trial fick 6,7 procent av kvinnorna som tog 843 mg EGCG per dag förhöjda levervärden, mot 0,7 procent med placebo, och 1,3 procent fick allvarliga biverkningar kopplade till levern. Leverpåverkan var tydligare hos dem med högt BMI. Enligt EFSA ger extrakt på fastande mage och i en enda dos betydligt mer EGCG i blodet än samma mängd tillsammans med mat och uppdelad på flera tillfällen. Enligt NCCIH verkar personer med en viss variant av en gen som styr immunförsvaret vara särskilt känsliga; varianten finns hos 5–15 procent av amerikanerna.
Andra biverkningar av extrakten är illamående, förstoppning, magbesvär och höjt blodtryck, enligt den amerikanska myndigheten NCCIH. Höga doser grönt te kan sänka halten i blodet av blodtrycksläkemedlet nadolol, extrakt kan sänka halten av kolesterolläkemedlet atorvastatin, och en interaktion med benskörhetsläkemedlet raloxifen har setts. EMA:s monografi över grönt te som växtbaserat läkemedel anger magsår, hjärt-kärlsjukdom som högt blodtryck och rubbad hjärtrytm samt överfunktion i sköldkörteln som skäl att avstå, enligt EFSA:s sammanfattning.
Enligt EU:s regler ska etiketten varna för att gravida, ammande och barn under 18 år inte bör inta extraktet. Livsmedelsverket avråder gravida från växtextrakt och anger högst 200 mg koffein per dag under graviditeten. Livsmedelsverket råder att inte använda kosttillskott tillsammans med läkemedel utan att rådgöra med läkare. Den som har en leversjukdom eller använder läkemedel kan rådgöra med läkare före användning.