Den viktigaste risken är allergi. EMA:s monografi anger att kamomill inte ska användas av den som är överkänslig mot kamomill eller andra korgblommiga växter, och att överkänslighetsreaktioner har rapporterats efter kontakt med flytande kamomillberedningar via slemhinnor, bland annat svåra allergiska reaktioner med andnöd, svullnad och anafylaktisk chock. Enligt NCCIH är risken för allergi större för den som är allergisk mot närbesläktade växter, till exempel ambrosia och krysantemum. Enligt EMA:s bedömningsrapport är det inte ovanligt att personer med kamomillallergi samtidigt är känsliga för gråbo- och björkpollen.
Andra biverkningar är ovanliga. En systematisk översikt från 2025 av 72 studier fann främst lindriga magbesvär och dåsighet, men biverkningarna var ofullständigt rapporterade, och sex av elva fallrapporter gällde allergiska reaktioner. NCCIH nämner illamående och yrsel, och att kamomill kan ha östrogenliknande effekter och därför kan förvärra tillstånd som är känsliga för östrogen, till exempel bröst- eller livmodercancer. Livsmedelsverket nämner kamomillblomma bland de råvaror där mindre undersökningar har hittat mögelgifter (mykotoxiner). Vi har inte hittat någon fastställd övre gräns för intag.
EMA:s monografi anger att interaktioner via leverenzymer (CYP450) har rapporterats hos njurtransplanterade som drack stora mängder kamomillte under ungefär två månader; fallen gällde blodkoncentrationen av det immundämpande läkemedlet ciklosporin, och i ett av dem drack personen en blandning av nio örter. EMA beskriver fallrapporterna som motstridiga. NCCIH nämner rapporterade interaktioner med läkemedel som bryts ned i levern och med blodförtunnande warfarin, och att kamomill enligt förberedande studier kan minska effekten av p-piller. EMA bedömde att fallrapporten om warfarin gällde en annan växtdel än blommorna. Livsmedelsverket råder att inte använda kosttillskott tillsammans med läkemedel utan att rådgöra med läkare.
Under graviditet och amning bedömer EMA att kamomillte är säkert, baserat på stora enkätstudier där många gravida drack kamomillte, medan övriga beredningar inte rekommenderas eftersom data saknas. Livsmedelsverket rekommenderar gravida och ammande att vara försiktiga med kamomillte och andra örtteer, men skriver att en kopp då och då troligen går bra, och råder gravida att undvika växtextrakt. NCCIH skriver att lite är känt om säkerheten under graviditet och amning. EMA anger också att kamomillprodukter för huden ska tvättas bort från bröstvårtorna före amning, så att barnet inte blir överkänsligt.