Selen är giftigt i höga doser. Långvarigt för högt intag ger selenförgiftning (selenos). Enligt EFSA är de vanligaste tecknen sköra, förtjockade naglar med vita fläckar och strimmor, skört hår och håravfall. Andra tecken är missfärgade tänder, vitlöksluktande andedräkt, hudförändringar och påverkan på nerverna, till exempel trötthet, stickningar och domningar. Livsmedelsverket nämner också påverkan på mage och tarm. Akut selenförgiftning kan ge blodtrycksfall, snabb puls, illamående, kräkningar och diarré.
EFSA:s övre gräns (UL) är 255 µg selen per dag för vuxna, även gravida och ammande, och gäller intaget från mat och tillskott tillsammans. EFSA sänkte gränsen 2023 från 300 µg. Den nya gränsen bygger på den stora studien SELECT, där män som fick 200 µg selen per dag utöver kosten, totalt omkring 330 µg per dag, oftare fick håravfall än de som fick placebo. För barn är gränsen 70 µg (1–3 år), 95 µg (4–6 år), 130 µg (7–10 år), 180 µg (11–14 år) och 230 µg (15–17 år).
Marginalen till den övre gränsen är liten, och Livsmedelsverket nämner selen bland de ämnen där skillnaden mellan behov och skadlig mängd är relativt liten. Ett tillskott med 200 µg per dag, den dos som användes i de stora studierna, ger tillsammans med de 40–50 µg som vuxna i Sverige får via maten ungefär 240–250 µg per dag. Enligt EFSA riskerar vuxna att överskrida gränsen främst om de regelbundet tar tillskott med höga doser selen eller regelbundet äter paranötter. En paranöt kan innehålla upp till 400 µg selen. Livsmedelsverket påpekar att flera kosttillskott samtidigt ökar risken för överdosering.
I de stora studierna var typ 2-diabetes vanligare med selen än med placebo (se forskningen om blodsocker). EFSA anser att selentillskott till småbarn och barn bör användas med försiktighet och efter samråd med vården. Livsmedelsverket råder att inte använda kosttillskott tillsammans med läkemedel utan att rådgöra med läkare, och anger att den som misstänker brist bör kontakta vården för att få rätt diagnos.