För mycket mangan kan vara giftigt och påverka nervsystemet, enligt Livsmedelsverket. EFSA bedömde 2023 att nervpåverkan är den kritiska effekten, men att underlaget inte räcker för att fastställa en övre gräns (UL). EFSA har i stället satt en säker intagsnivå: 8 mg mangan per dag för vuxna, även gravida och ammande, från alla källor inklusive kosttillskott och berikade livsmedel. För barn är nivån 2 mg (4–11 månader), 4 mg (1–2 år), 5 mg (3–6 år), 6 mg (7–13 år) och 7 mg (14–17 år). Ett intag över den säkra nivån behöver inte innebära risk, men det är inte känt var risken börjar öka.
Den säkra nivån bygger på de högsta vanliga intagen från maten i Europa. Vegetarianer, veganer och de som dricker mycket te får ofta i sig mycket mangan redan från maten, och enligt EFSA är det okänt om tillskott ovanpå det innebär någon risk. EFSA nämner att personer med nedsatt leverfunktion, särskilt sjukdomar som stoppar gallflödet, och personer med järnbrist kan vara känsligare, eftersom levern utsöndrar mangan och järnbrist ökar upptaget. Sällsynta ärftliga sjukdomar i manganets transportproteiner ger manganansamling redan i barndomen.
EFSA beskriver sex fallrapporter om misstänkt manganförgiftning via munnen. En 70-årig kvinna med parkinsonliknande symtom hade tagit ett kosttillskott med över 500 procent av det rekommenderade dagliga intaget, och en 37-årig kvinna uppgav att hon tagit 100 mg mangan per dag i mer än två år tillsammans med flera andra preparat. Enligt EFSA stämmer fallen med en nervskadande effekt men räcker inte för att ange någon gräns. I den enda kontrollerade studien gav 20 mg per dag i åtta veckor inga neurologiska tecken hos 16 kvinnor, men den var för liten och kort för att visa långsiktig säkerhet. När EFSA 2009 bedömde fyra manganformer i kosttillskott ansågs de inte vara något säkerhetsproblem om den brittiska expertgruppens vägledande nivåer inte överskreds: 4 mg mangan per dag utöver kosten för vuxna och 0,5 mg för äldre.
Hos små barn är tarmens reglering av manganupptaget inte färdigutvecklad, och de kan få i sig för mycket från mat och dricksvatten. Livsmedelsverket avråder från att blanda modersmjölksersättning med vatten som innehåller mer än 0,4 mg mangan per liter.
Mangan och järn delar upptagsvägar. I en måltidsstudie minskade 7,5–15 mg mangan upptaget av järn från måltiden med upp till 40 procent, men 15–20 mg per dag i två till fyra månader påverkade inte ferritin eller järnbalans i de studier EFSA granskat. Livsmedelsverket råder att inte använda kosttillskott tillsammans med läkemedel utan att rådgöra med läkare och påpekar att flera kosttillskott samtidigt ökar risken för överdosering.