Förstoppning, matsmältningsbesvär, gaser, illamående, magsmärtor och diarré anges som sällsynta biverkningar i produktresumén för ett receptfritt läkemedel med kalciumkarbonat och D-vitamin.
Enligt Livsmedelsverket kan kalcium överdoseras med kosttillskott. Tillsammans med ett högt intag av D-vitamin kan det leda till för hög kalciumhalt i blodet (hyperkalcemi), förkalkning av kroppens vävnader, njursten och njurskador. EFSA:s övre gräns (UL) är 2 500 mg kalcium per dag för vuxna, även gravida och ammande, och gäller intaget från mat och tillskott tillsammans. Gränsen bygger på långa studier där 2 500 mg per dag tolererades utan negativa effekter. För barn och ungdomar har EFSA inte kunnat sätta någon övre gräns, men har inte heller sett någon risk vid de högsta intag som förekommer i dag. EFSA bedömde 2012 att inget samband är fastställt mellan långvarigt intag av kalcium och njursten, hjärt-kärlsjukdom eller prostatacancer. I en genomgång för den amerikanska expertpanelen USPSTF från 2018 fick dock fler personer njursten när kalcium gavs tillsammans med D-vitamin, men inte när kalcium gavs ensamt.
Om kalciumtillskott påverkar hjärtat är omdiskuterat. En metaanalys från 2010 fann 27–31 procent högre risk för hjärtinfarkt med kalciumtillskott utan D-vitamin, och en ny analys 2011 som även tog med den stora amerikanska WHI-studien fann en ökad risk även med D-vitamin. En systematisk översikt från 2016, finansierad av en amerikansk benskörhetsorganisation, fann ingen ökad risk vid intag upp till den övre gränsen. En metaanalys från 2021 av 13 dubbelblinda studier fann cirka 15 procent högre risk för hjärt-kärlsjukdom hos friska kvinnor efter klimakteriet. Enligt översikten från 2016 var hjärt-kärlhändelser bara sekundära utfall i de studier som ingick, och frågan är inte avgjord.
Kalcium kan minska upptaget av vissa läkemedel, bland annat antibiotika av typen tetracykliner och kinoloner, bisfosfonater mot benskörhet och levotyroxin mot underfunktion i sköldkörteln. Vätskedrivande tiazider minskar utsöndringen av kalcium och kan öka risken för hyperkalcemi. Det framgår av produktresumén. Livsmedelsverket råder att inte använda kosttillskott tillsammans med läkemedel utan att rådgöra med läkare. Produktresumén tar också upp njursten, nedsatt njurfunktion och tillstånd med för mycket kalcium i blodet eller urinen, och anger att gravida inte ska överstiga 2 500 mg kalcium per dag.